La storia di Assassin,s Creed inizia nel settembre del 2012, quando un barista di nome Desmond Miles, si risveglia dopo una sessione difettosa dell,Animus (uno speciale macchinario) all,interno dei laboratori delle Industrie Abstergo a Roma dopo essere stato rapito. Desmond stato "scelto" per il progetto per via del suo antenato Altar, un membro della setta degli Assassini vissuto durante la Terza Crociata in Terra Santa, i dirigenti dell,Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui ha avuto a che fare Altar e vorrebbero saperne di pi. I due ricercatori che lavorano al progetto Animus e supervisioneranno il lavoro di Desmond sono il dottor Warren Vidic e la sua assistente Lucy Stillman. Questi gli spiegano che nel DNA sono contenuti non solo le informazioni genetiche ma anche i ricordi degli antenati, e l,Animus in grado di prendere queste informazioni e di proiettarle come immagini.
Il primo ricordo risale ad un,importante missione di recupero del tesoro dei templari nel Tempio di Salomone durante la quale Altar tenta di uccidere il gran maestro dei Templari Roberto di Sable. Tuttavia fallisce, e, a causa di una frana, viene separato dai compagni ed costretto a ritornare a mani vuote a Masyaf, ma uno dei suoi compagni, Malik, riuscir a recuperare l,artefatto, perdendo per un braccio e il fratello, poich Altar, troppo fiducioso in s stesso, ha messo in pericolo tutta la setta.
Roberto di Sable, deciso a riprendersi ci che gli stato tolto, decide di assediare Masyaf. Grazie ad un aiuto interno si fa aprire le porte ma i suoi uomini vengono uccisi sotto le mura del castello per una trappola azionata da Altar ed costretto a ritirarsi. Il maestro della setta Al Mualim processa ed accoltella Altar per aver disobbedito ai principi della setta. Una volta curato Altar viene degradato da Priore (il secondo grado pi alto) a Novizio (il grado pi basso), Al Mualim per gli offre la possibilit di redimersi assassinando nove uomini, responsabili di fomentare la guerra in corso nella regione. Cos facendo Altar riporterebbe la pace nella regione e riacquisterebbe il proprio grado di Priore.
Ma nel corso della sua avventura scoprir che tutti i suoi bersagli (uomini sia appartenenti alla fazione dei Crociati che a quella dei Saraceni) sono collegati tra di loro da un patto di sangue, simile a quello degli Assassini: il loro obiettivo creare un nuovo mondo, e per ottenerlo serve loro l,artefatto rubato. A ogni obiettivo eliminato, ad Altar viene restituito un rango e una parte del suo equipaggiamento (spada, spada corta e pugnali da lancio). Procedendo nella sua missione, Al Mualim gli spiegher che la setta rivale altri non sono che i Templari, essi vogliono avere il controllo della Terra Santa, ma non in nome della Chiesa, bens per loro stessi, per "imporre" la pace e creare cos "il mondo perfetto", e per raggiungere tale scopo si sono infiltrati in entrambi gli schieramenti (alcuni di loro sono infatti reggenti di citt, comandanti di eserciti o grandi mercanti). Al Mualim spiegher anche che condivide la loro idea di pace, ma non i mezzi per ottenerla, infatti i bersagli di Altar compiono gesti atroci, come condanne a morte sommarie o esperimenti medici su esseri umani oltre i limiti della morale.
Dopo aver assassinato otto uomini, la sua ultima vittima, Roberto di Sable, rivela ad Altar che erano 10 gli uomini a sapere del Tesoro di Salomone e che il decimo Al Mualim ma che, a differenza degli altri 9, non voleva condividere quel potere con nessuno e per dimostrargli la sua buona fede gli fa notare di come egli sapesse sempre dove trovare i bersagli. Tramite questa rivelazione, Altar scopre cos che Al Mualim in combutta coi Templari e che tutta Masyaf rischia di cadere in una trappola preparata da quest,ultimo. Tornato di corsa e in preda alla rabbia a casa, ovvero a Masyaf, Altar scopre che l,intero villaggio sotto il controllo mentale di Al Mualim. Il maestro gli rivela il motivo per cui gli ha fatto assassinare i bersagli, ovvero per impedire che altri mettessero le mani sul manufatto, il "Frutto dell,Eden" in grado di controllare i cuori e le menti di chi lo contempla, anche se stranamente Altar sembra immune al controllo mentale. Dopo un duro scontro, Altar uccide Al Mualim e l,artefatto si attiva disegnando un mappamondo olografico (con una precisione impossibile per il XII secolo), rivelando la locazione di altri "Frutti dell,Eden".
Con le memorie di Altar complete, a Desmond rivelato che all,Abstergo servivano i ricordi del protagonista per sapere dove cercare gli artefatti, infatti la compagnia vuole usarli per creare un mondo perfetto, essendo loro i discendenti odierni dei Templari, il cui scopo di controllare le menti di tutto il globo lanciando un satellite con il "Frutto dell,Eden" a bordo, e uccidendo chiunque resister. L,Abstergo non ha pi bisogno di Desmond e lo vorrebbe eliminare, ma Lucy lo salva, dicendo che le sue memorie potrebbero ancora servire, e di non lasciare niente al caso. Warren Vidic lascia la stanza dicendo a Desmond di non rilassarsi troppo e che ci sar ancora bisogno di lui.
Nel corso della storia sar mostrato come Lucy sia in realt anch,essa un membro degli Assassini, infiltrata nell,Abstergo per controllare Desmond e spiare i dirigenti. Proprio lei spiegher a Desmond che l,Abstergo stata fondata dai Templari, che hanno governato il mondo segretamente fino a quell,epoca, e che ancora danno la caccia agli Assassini.
Nella conclusione del gioco Desmond vedr attraverso l,"Occhio dell,aquila", come sapeva fare il suo antenato. Vedr inoltre Lucy allontanarsi (con un alone blu) e Vidic (con un alone rosso). In seguito andr nella sua stanza per vedere il muro pieno di simboli ignoti e scritte in lingue straniere, tutto realizzato con sangue. Infine, curiosando nei computer presenti si potranno scoprire alcuni dettagli riguardanti l,Abstergo e le sue attivit.
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